·Departamento de Gestión de Proyectos
▶Gerencia de Administración y Recursos Humanos
·Departamento de Compras, Suministros y Logística
▶Subgerencia de Contabilidad, Presupuesto y Recaudaciones
▶Subgerencia de Recursos Humanos
▶Gerencia de Asuntos Legales y Juridicos
·Subgerencia de Contenciosos
·Subgerencia de Dictámenes y Asesoramiento
·Subgerencia de Sumarios y Liberaciones
▶Gerencia de Calidad y Prestación de Servicios
▶Gerencia de Control de Permisos del Transporte Automotor
·Subgerencia de Transporte de Cargas
▶Subgerencia de Transporte Interurbano e Internacional de Pasajeros
·Subgerencia de Transporte Urbano de Pasajeros
▶Gerencia de Fiscalización de Gestión Ferroviaria
·Subgerencia de Fiscalización de Gestión de Servicios de Larga Distancia
·Subgerencia de Fiscalización de Gestión de Servicios Metropolitanos
·Subgerencia de Fiscalización de Inversiones
▶Gerencia de Fiscalización de Permisos del Transporte Automotor
·Subgerencia de Transporte de Cargas
▶Subgerencia de Transporte Interurbano e Internacional de Pasajeros
·Subgerencia de Transporte Urbano de Pasajeros
▶Gerencia de Fiscalización del Transporte Automotor
·Departamento Coordinación Buenos Aires
·Departamento de Operativos Buenos Aires
▶Subgerencia de Fiscalización de Delegaciones Regionales
·Departamento Coordinación Regional Centro Este
·Departamento Coordinación Regional Centro Oeste
·Departamento Coordinación Regional Cuyo
·Departamento Coordinación Regional NEA
·Departamento Coordinación Regional NOA
·Departamento Delegación Córdoba
·Departamento Delegación Corrientes
·Departamento Delegación Mendoza
·Departamento Delegación Salta
▶Gerencia de Fiscalización Técnica Automotor
▶Gerencia de Fiscalización Técnica Ferroviaria
·Subgerencia de Fiscalización de Infraestructura
·Subgerencia de Fiscalización de Material Rodante y Habilitaciones
·Subgerencia de Fiscalización de Procesos Operacionales
▶Gerencia de Servicios de Tecnología de la Información
·Secretaría General
·Unidad de Auditoría Interna